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Service commum d'Imagerie        

Service commum d'Imagerie


Responsable scientifique : Christophe Escudé

Responsable technique : François Loll (floll @ mnhn.fr / poste 3689)


Leica DMIRE2

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Filtres à disposition (cliquez ici) :  DAPI ("A4"), GFP ("L5"), XF204 ("546"), Cy3 ("Y3"), QD605, Cy5 ("Y5")

Objectifs : x10, x20, x40, x40 huile, x63 huile, x100 huile

Accessoires : lampe HXP120, platine motorisée, piezo sur l'objectif x100

Applications : 2D, 3D "légère", cellules fixées ou vivantes

Logiciels : Metamorph, Micromanager

Guide utilisateur disponible en version papier dans la salle d'imagerie (classeur Leica)


Zeiss Axio observer Z1

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Filtres à disposition (cliquez ici) :  DAPI ("49 shift free"), eGFP ("38 HE shift free"), Cy3 ("43 HE shift free"), Cy5 ("50 shift free")

Objectifs : x10, x20, x63 huile

Accessoires : lampe HXP120, Colibri2 (LEDs), ApoTome2, platine motorisée, table anti-vibration, enceinte thermostatée, contrôleur de CO2

Applications : 2D, 3D haute résolution, cellules fixées ou vivantes, multi-positions, mosaïques, vidéomicroscopie

Logiciel : ZEN 2012 64 bits

Guide de l'utilisateur : A télécharger (ici)
Disponible aussi en version papier dans la salle d'imagerie (classeur Zeiss)


Planning de réservation

A faire obligatoirement sur le GRR (cliquez ici)

Vous devez disposer d'un compte pour pouvoir effectuer une réservation. Faites votre demande auprès de notre responsable réseau.


Formations

Avant toute première utilisation, une formation d'une heure environ est dispensée pour devenir un minimum autonome sur le microscope.


Analyses

Les logiciels suivants sont recommandés pour traiter vos images :

- TANGO (cliquez ici) : spécifique au traitement 3D des noyaux et structures associées (attention à bien avoir installé Java auparavant)

- Fiji (cliquez ici) : la base pour traiter vos images simplement et moins simplement grâce aux nombreux plugins disponibles. A noter qu'il est possible de passer par Fiji pour installer TANGO puis rtango

- Icy (cliquez ici) : une excellente alternative à Fiji qui permet de nombreuses analyses (colocalisation, tracking , ...)

Pour l'analyse statistique, je vous conseille l'utilisation de R (cliquez ici) et de l'interface R Studio pour le côté convivial (cliquez ici). Attention à procéder à l'installation dans cet ordre. Testé sur PC, Mac et Linux (Windows 7 ou Mac OS 10.10.4 Yosemite ou Ubuntu 15.04 avec TANGO v 0.878, Java 8u51, R 3.2.2, RStudio 0.99.486, rtango 1.3).

Une salle dédiée aux analyses au sous-sol vous permet d'utiliser ces logiciels librement (sur PC). Demandez au responsable technique pour la première utilisation. N'oubliez pas de réserver un créneau sur le GRR.


Traitement des images

- Ajout d'une barre d'échelle par ImageJ : (cliquez ici)

Changer de langue

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