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TACGENE        

TACGENE

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Personnes Impliquées

Nom Expertise
Carine GIOVANNANGELIResponsable ScientifiqueStratégie et Design
Jean-Paul CONCORDETResponsable Scientifique/TechniqueStratégie et Design
Anne DE CIANResponsable TechniqueARN/Protéine et activité in vitro
Alice BRIONIngénieurBiologie Moléculaire et Cellulaire
Khadija LAMRIBETIngénieurBiologie Moléculaire et Cellulaire


Contact: tacgene à mnhn.fr


Présentation

 

TACGENE a été crée en 2011 au sein de l’U1154–UMR7196, pour faciliter l'accès des laboratoires académiques aux techniques d’édition du génome.


Soutenu dans le cadre du projet Investissement d’Avenir - Infrastructures Nationales en Biologie Santé TEFOR, Transgenèse pour les Etudes Fonctionnelles sur les Organismes modèles, nous avons développé une solide expertise dans le design, la production et l’utilisation des technologies TALEN (Transcription-Activated like Effector Nucleases), puis CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)/Cas9. Nous les utilisons dans des cellules en culture dans nos projets de recherche et en collaboration, dans de nombreux organismes modèles, en particulier le rat, la souris et le poisson-zèbre au travers du réseau Celphedia.

Les activités de recherche et de développement que nous menons dans l'équipe GE2R pour améliorer ces technologies, en parallèle aux activités de service de TACGENE, nous permettent de proposer aujourd’hui des solutions et une expertise avancée sur les différentes problématiques d’édition du génome (Knock-out, Knock-In…).

 

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Nucleases développées par TACGENE

Expertises et services collaboratifs proposés

  • Design d’une stratégie d'édition du génome en fonction du projet
  • Design et sélection des sgRNAs
  • Transfections et tests d'activité en cellules
  • Transcription des sgRNAs et contrôle qualité
  • Production de Cas9 (ARNm et protéines recombinantes)
  • Tests d'activité in vitro des complexes sgARN/Cas9 purifiés
  • Conseils d'utilisation et aide au génotypage
  • Mise à disposition de protocoles sur demande

Publications récentes impliquant les activités de TACGENE


  • Koutroumpa F-A., Monsempes C., François M-C., De Cian A., Royer C., Concordet J-P. & Jacquin-Joly E. (2016) Heritable genome editing with CRISPR/Cas9 induces anosmia in a crop pest moth. Sci Rep. 6:29620.
  • Haeussler M., Schönig K., Eckert H., Eschstruth A., Mianné J., Renaud J-B., Schneider-Maunoury S., Shkumatava A., Teboul L., Kent J., Joly J-S. & Concordet J-P. (2016) Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide RNA selection tool CRISPOR. Genome Biol. 17(1):148.
  • Steed E., Faggianelli N., Roth S., Ramspacher C., Concordet J-P. & Vermot J. (2016) klf2a couples mechanotransduction and zebrafish valve morphogenesis through fibronectin synthesis. Nat Commun. 7:11646.
  • Haeussler M. & Concordet J-P. (2016) Genome Editing with CRISPR-Cas9: Can It Get Any Better? J. Genet. Genomics. 43,5:239-50.
  • Di Donato V., De Santis F., Auer T-O., Testa N., Sánchez-Iranzo H., Mercader N., Concordet J-P. & Del Bene F. (2016) 2C-Cas9: a versatile tool for clonal analysis of gene function. Genome Res. 26,5:681-92.
  • Böhm U-L., Prendergast A., Djenoune L., Nunes Figueiredo S., Gomez J., Stokes C., Kaiser S., Suster M., Kawakami K., Charpentier M., Concordet J-P., Rio J-P., Del Bene F. & Wyart C. (2016) CSF-contacting neurons regulate locomotion by relaying mechanical stimuli to spinal circuits. Nat. Commun. 7:10866.
  • Renaud J-B., Boix C., Charpentier M., De Cian A., Cochennec J., Duvernois-Berthet E., Perrouault L., Tesson L., Edouard J., Thinard R., Cherifi Y., Menoret S., Fontanière S., de Crozé N., Fraichard A., Sohm F., Anegon I., Concordet J-P. & Giovannangeli C. (2016) Improved Genome Editing Efficiency and Flexibility Using Modified Oligonucleotides with TALEN and CRISPR-Cas9 Nucleases. Cell Reports. 14,9:2263-72.
  • Menoret, S., De Cian, A., Tesson, L., Remy, S., Usal, C., Boulé, J-B., Boix, C., Fontanière, S., Crénéguy, A., Nguyen, T.,Brusselle, L., Thinard, R., Gauguier, D., Concordet, J-P., Cherifi, Y., Fraichard, A., Giovannangeli, C., & Anegon I. (2015) Homology-directed repair in rodent zygotes using Cas9 and TALEN engineered proteins. Sci Rep. 7(5):14410. 
  • Auer, T-O., Xiao, T., Bercier, V., Gebhardt, C., Duroure, K., Concordet, J-P., Wyart, C., Suster, M., Kawakami, K., Wittbrodt, J., Baier, H. & Del Bene, F. (2015) Deletion of a kinesin I motor unmasks a mechanism of homeostatic branching control by neurotrophin-3. Elife.15;4. doi: 10.7554/eLife.05061
  • Reinhardt, R., Centanin, L., Tavhelidse, T., Inoue, D., Wittbrodt, B., Concordet J-P., Martinez-Morales, J-R., & Wittbrodt, J. (2015) Sox2, Tlx, Gli3, and Her9 converge on Rx2 to define retinal stem cells in vivo. EMBO J. 3, 34(11):1572-88.
  • Auer, T-O., Duroure, K., Concordet, J-P. & Del Bene, F. (2014) CRISPR/Cas9-mediated conversion of eGFP- into Gal4-transgenic lines in zebrafish. Nat Protoc. 9,12: 2823-40.
  • Larcher, T., Lafoux, A., Tesson, L., Remy, S., Thepenier, V., François, V., Le Guiner, C., Goubin, H., Dutilleul, M., Guigand, L., Toumaniantz, G., De Cian, A., Boix, C., Renaud, J-B., Cherel, Y., Giovannangeli, C., Concordet, J-P., Anegon, I. & Huchet, C. (2014) Characterization of dystrophin deficient rats: a new model for Duchenne muscular dystrophy. PLoS One. 9,10: e110371.
  • Giovannangeli, C. & Concordet, J-P. (2014) Editing and investigating genomes with TALE and CRISPR/Cas systems: applications of artificial TALE and CRISPR-Cas systems. Methods. 69,2: 119-20.
  • Ghezraoui, H., Piganeau, M., Renouf, B., Renaud, J-B., Sallmyr, A., Ruis, B., Oh, S., Tomkinson, A-E., Hendrickson, E-A., Giovannangeli, C., Jasin, M. & Brunet, E. (2014). Chromosomal translocations in human cells are generated by canonical nonhomologous end-joining. Mol Cell. 55, 6: 829-42.
  • Rémy, S., Tesson, L., Ménoret, S., Usal, C., De Cian, A., Thepenier, V., Thinard, R., Baron, D., Charpentier, M., Renaud, J-B., Buelow, R., Cost, G-J., Giovannangeli, C., Fraichard, A., Concordet, J-P. & Anegon, I. Efficient gene targeting by homology-directed repair in rat zygotes using TALE nucleases. (2014) Genome Res. 24,8: 1371-83.
  • Ménoret, S., Tesson, L., Rémy, S., Usal, C., Thépenier, V., Thinard, R., Ouisse, L-H., De Cian, A., Giovannangeli, C., Concordet, J-P. & Anegon, I. (2014). Gene targeting in rats using transcription activator-like effector nucleases. Methods. 69,1: 102-7.
  • Auer, T-O., Duroure, K., De Cian, A., Concordet, J-P. & Del Bene, F. (2014). Highly efficient CRISPR/Cas9-mediated knock-in in zebrafish by homology-independent DNA repair. Genome Res, 24, 1:142-53.
  • Piganeau, M., Ghezraoui, H., De Cian, A., Guittat, L., Tomishima, M., Perrouault, L., René, O., Katibah, G-E., Zhang, L., Holmes, M-C., Doyon, Y., Concordet, J-P., Giovannangeli, C., Jasin, M. & Brunet, E.. (2013). Cancer translocations in human cells induced by zinc finger and TALE nucleases. Genome Res, 23,7 :1182-93.

Principales Collaborations

  • Erika Brunet, MNHN, Paris (Translocations Chromosomiques)
  • Ignacio Anegon,TRIP - UMR1064, Nantes (Transgenèse Rat)
  • Filippo Del Bene, Institut Curie, Paris (Ciblage génomique Zebrafish)
  • Frédéric Sohm, Amagen, Gif-sur-Yvette (Transgenèse Zebrafish)
  • Kristof Jagla,Fly-facility, Clermont-Ferrand (Transgenèse Drosophile)
  • Geneviève Tavernier, Anexplo, Toulouse (Transgenèse Souris)
  • Christophe Heligon, CRB Xénope, Rennes (Transgenèse Xénope)
  • Laure Bonnaud-Ponticelli, Guillaume Rivoire, UMR BOREA, MNHN
  • Hervé Tostivint, Barbara Demeinex, UMR 7221, MNHN (ciblage génomique poisson-zèbre et xénope)
  • Emmanuelle Jacquin-Joly, UMR 1272, INRA Versailles (Ciblage génomique dans Lepidoptera)
  • Tsuyoshi Momose, UMR7009, Villefranche s/ Mer (Ciblage génomique dans Clytia)
  • Rafael Dariolli, INCOR, Université Sao Paolo (Brésil)
  • Cesare Galli, Fondazione Avantea, Cremona (Italie)
  • Jochen Wittbrodt, Centre for Organismal studies, Heidelberg (Allemagne)

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