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TACGENE        

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Personnes Impliquées

Nom Expertise
Carine GIOVANNANGELIResponsable ScientifiqueStratégie et Design
Jean-Paul CONCORDETResponsable Scientifique/TechniqueStratégie et Design
Anne DE CIANResponsable TechniqueARN/Protéine et activité in vitro
Alice BRIONIngénieurBiologie Moléculaire et Cellulaire
Khadija LAMRIBETIngénieurBiologie Moléculaire et Cellulaire


Contact: tacgene at mnhn.fr


Présentation

 

TACGENE a été crée en 2011 au sein de l’U1154–UMR7196, pour faciliter l'accès des laboratoires académiques aux techniques d’édition du génome.


Soutenu dans le cadre du projet Investissement d’Avenir - Infrastructures Nationales en Biologie Santé TEFOR, Transgenèse pour les Etudes Fonctionnelles sur les Organismes modèles, nous avons développé une solide expertise dans le design, la production et l’utilisation des technologies TALEN (Transcription-Activated like Effector Nucleases), puis CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)/Cas9. Nous les utilisons dans des cellules en culture dans nos projets de recherche et en collaboration, dans de nombreux organismes modèles, en particulier le rat, la souris et le poisson-zèbre au travers du réseau Celphedia.

Les activités de recherche et de développement que nous menons dans l'équipe GE2R pour améliorer ces technologies, en parallèle aux activités de service de TACGENE, nous permettent de proposer aujourd’hui des solutions et une expertise avancée sur les différentes problématiques d’édition du génome (Knock-out, Knock-In…).

 

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Nucleases développées par TACGENE

Expertises et services collaboratifs proposés

  • Design d’une stratégie d'édition du génome en fonction du projet
  • Design et sélection des sgRNAs
  • Transfections et tests d'activité en cellules
  • Transcription des sgRNAs et contrôle qualité
  • Production de Cas9 (ARNm et protéines recombinantes)
  • Tests d'activité in vitro des complexes sgARN/Cas9 purifiés
  • Conseils d'utilisation et aide au génotypage
  • Mise à disposition de protocoles sur demande
  • Clonage Cellulaire

Publications impliquant les activités de TACGENE

  • Joutsen, J., Da Silva, A.-J., Luoto, J.C., Budzynski, M.A., Nylund, A.S., de Thonel, A., Concordet, J.-P., Mezger, V., Sabéran-Djoneidi, D., Henriksson, E. & Sistonen, L. Heat Shock Factor 2 Protects against Proteotoxicity by Maintaining Cell-Cell Adhesion . Cell Rep. 2020 Jan 14;30(2):583-597.e6. doi: 10.1016/j.celrep.2019.12.037. PubMed PMID: 31940498.
  • Khosravi, M.A., Abbasalipour, M.,Concordet, J.-P., Berg, J.V., Zeinali, S., Arashkia, A., Azadmanesh, K., Buch, T. & Karimipoor, M. Targeted deletion of BCL11A gene by CRISPR-Cas9 system for fetal hemoglobin reactivation: A promising approach for gene therapy of beta thalassemia disease. Eur J Pharmacol. 2019 Jul 5;854:398-405. doi: 10.1016/j.ejphar.2019.04.042. Epub 2019 Apr 27. PubMed PMID: 31039344.
  • Garcin, E.B., Gon, S., Sullivan, M.R., Brunette, G.J., Cian, A., Concordet J.-P.,Giovannangeli, C., Dirks, W.G., Eberth, S., Bernstein, K.A., Prakash, R., Jasin, M. & Modesti, M. Differential Requirements for the RAD51 Paralogs in Genome Repair and Maintenance in Human Cells . PLoS Genet. 2019 Oct 4;15(10):e1008355. doi:10.1371/journal.pgen.1008355. eCollection 2019 Oct. PubMed PMID: 31584931; PubMed Central PMCID: PMC6795472.
  • Dreano, E., Bacchetta, M., Simonin, J., Galmiche, L., Usal, C., Slimani, L., Sadoine, J., Tesson, L., Anegon, I., Concordet, J.-P., Hatton, A., Vignaud, L., Tondelier, D., Sermet-Gaudelus, I., Chanson, M. & Cottart, C.H.. Characterization of two rat models of cystic fibrosis-KO and F508del CFTR-Generated by Crispr-Cas9 . Animal Model Exp Med. 2019 Nov 25;2(4):297-311. doi: 10.1002/ame2.12091. eCollection 2019 Dec. PubMed PMID: 31942562; PubMed Central PMCID: PMC6930998.
  • Bastin-Héline, L., de Fouchier, A., Cao, S., Koutroumpa, F., Caballero-Vidal, G., Robakiewicz, S., Monsempes, C., François, M.-C., Ribeyre, T., Maria, A., Chertemps, T., de Cian, A., Walker, W.B. 3rd, Wang, G., Jacquin-Joly, E. & Montagné, N. A novel lineage of candidate pheromone receptors for sex communication in moths . Elife. 2019 Dec 10;8. pii: e49826. doi: 10.7554/eLife.49826. PubMed PMID: 31818368; PubMed Central PMCID: PMC6904214.
  • Concordet, J.-P. Haeussler, M. CRISPOR: intuitive guide selection for CRISPR/Cas9 genome editing experiments and screens. Nucleic Acids Res. 2018;46, W242–W245. https://doi.org/10.1093/nar/gky354
  • Ménoret, S., Ouisse, L.-H., Tesson, L., Delbos, F., Garnier, D., Remy, S., Usal, C., Concordet, J.-P. , Giovannangeli, C. , Chenouard, V., Brusselle, L., Merieau, E., Nerrière-Daguin, V., Duteille, F., Bellier-Waast, F., Fraichard, A., Nguyen, T.H., Anegon, I. Generation of Immunodeficient Rats With Rag1 and Il2rg Gene Deletions and Human Tissue Grafting Models. Transplantation. 2018;102, 1271–1278. https://doi.org/10.1097/TP.0000000000002251
  • Momose, T., De Cian, A. , Shiba, K., Inaba, K., Giovannangeli, C. , Concordet, J.-P. High doses of CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein efficiently induce gene knockout with low mosaicism in the hydrozoan Clytia hemisphaerica through microhomology-mediated deletion . Sci Rep. 2018; 8, 11734. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30188-0
  • Torbey, P., Thierion, E., Collombet, S., de Cian, A ., Desmarquet-Trin-Dinh, C., Dura, M., Concordet, J.-P. , Charnay, P., Gilardi-Hebenstreit, P. Cooperation, cis-interactions, versatility and evolutionary plasticity of multiple cis-acting elements underlie krox20 hindbrain regulation. PLoS Genet. 2018;14, e1007581. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007581
  • Remy, S., Chenouard, V., Tesson, L., Usal, C., Ménoret, S., Brusselle, L., Heslan, J.-M., Nguyen, T.H., Bellien, J., Merot, J., De Cian, A. , Giovannangeli, C ., Concordet, J.-P. , Anegon, I. Generation of gene-edited rats by delivery of CRISPR/Cas9 protein and donor DNA into intact zygotes using electroporation . Sci Rep. 2017; 7, 16554. https://doi.org/10.1038/s41598-017-16328-y
  • Salama A, Mosser M, Leveque X, Perota A, Judor JP, Danna C, Pogu S, Moure A, Jegou D, Gaide N, Abadie J, Gauthier O, Concordet JP, Le Bas-Bernardet S, Riochet D, Le Berre L, Hervouet J, Minault D, Weiss P, Guicheux J, Brouard S, Bosch S, Lagutina I, Duchi R, Lazzari G, Cozzi E, Blancho G, Conchon S, Galli C, Soulillou JP, Bach JM. Neu5Gc and alpha1-3 GAL Xenoantigen Knockout Does Not Affect Glycemia Homeostasis and Insulin Secretion in Pigs. Diabetes .2017;66(4):987-993.
  • Koutroumpa F-A., Monsempes C., François M-C., De Cian A., Royer C., Concordet J-P. & Jacquin-Joly E. (2016) Heritable genome editing with CRISPR/Cas9 induces anosmia in a crop pest moth. Sci Rep. 6:29620.
  • Haeussler M., Schönig K., Eckert H., Eschstruth A., Mianné J., Renaud J-B., Schneider-Maunoury S., Shkumatava A., Teboul L., Kent J., Joly J-S. & Concordet J-P. (2016) Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide RNA selection tool CRISPOR. Genome Biol. 17(1):148.
  • Steed E., Faggianelli N., Roth S., Ramspacher C., Concordet J-P. & Vermot J. (2016) klf2a couples mechanotransduction and zebrafish valve morphogenesis through fibronectin synthesis. Nat Commun. 7:11646.
  • Haeussler M. & Concordet J-P. (2016) Genome Editing with CRISPR-Cas9: Can It Get Any Better? J. Genet. Genomics. 43,5:239-50.
  • Di Donato V., De Santis F., Auer T-O., Testa N., Sánchez-Iranzo H., Mercader N., Concordet J-P. & Del Bene F. (2016) 2C-Cas9: a versatile tool for clonal analysis of gene function. Genome Res. 26,5:681-92.
  • Böhm U-L., Prendergast A., Djenoune L., Nunes Figueiredo S., Gomez J., Stokes C., Kaiser S., Suster M., Kawakami K., Charpentier M., Concordet J-P., Rio J-P., Del Bene F. & Wyart C. (2016) CSF-contacting neurons regulate locomotion by relaying mechanical stimuli to spinal circuits. Nat. Commun. 7:10866.
  • Renaud J-B., Boix C., Charpentier M., De Cian A., Cochennec J., Duvernois-Berthet E., Perrouault L., Tesson L., Edouard J., Thinard R., Cherifi Y., Menoret S., Fontanière S., de Crozé N., Fraichard A., Sohm F., Anegon I., Concordet J-P. & Giovannangeli C. (2016) Improved Genome Editing Efficiency and Flexibility Using Modified Oligonucleotides with TALEN and CRISPR-Cas9 Nucleases. Cell Reports. 14,9:2263-72.
  • Menoret, S., De Cian, A., Tesson, L., Remy, S., Usal, C., Boulé, J-B., Boix, C., Fontanière, S., Crénéguy, A., Nguyen, T.,Brusselle, L., Thinard, R., Gauguier, D., Concordet, J-P., Cherifi, Y., Fraichard, A., Giovannangeli, C., & Anegon I. (2015) Homology-directed repair in rodent zygotes using Cas9 and TALEN engineered proteins. Sci Rep. 7(5):14410. 
  • Auer, T-O., Xiao, T., Bercier, V., Gebhardt, C., Duroure, K., Concordet, J-P., Wyart, C., Suster, M., Kawakami, K., Wittbrodt, J., Baier, H. & Del Bene, F. (2015) Deletion of a kinesin I motor unmasks a mechanism of homeostatic branching control by neurotrophin-3. Elife.15;4. doi: 10.7554/eLife.05061
  • Reinhardt, R., Centanin, L., Tavhelidse, T., Inoue, D., Wittbrodt, B., Concordet J-P., Martinez-Morales, J-R., & Wittbrodt, J. (2015) Sox2, Tlx, Gli3, and Her9 converge on Rx2 to define retinal stem cells in vivo. EMBO J. 3, 34(11):1572-88.
  • Auer, T-O., Duroure, K., Concordet, J-P. & Del Bene, F. (2014) CRISPR/Cas9-mediated conversion of eGFP- into Gal4-transgenic lines in zebrafish. Nat Protoc. 9,12: 2823-40.
  • Larcher, T., Lafoux, A., Tesson, L., Remy, S., Thepenier, V., François, V., Le Guiner, C., Goubin, H., Dutilleul, M., Guigand, L., Toumaniantz, G., De Cian, A., Boix, C., Renaud, J-B., Cherel, Y., Giovannangeli, C., Concordet, J-P., Anegon, I. & Huchet, C. (2014) Characterization of dystrophin deficient rats: a new model for Duchenne muscular dystrophy. PLoS One. 9,10: e110371.
  • Giovannangeli, C. & Concordet, J-P. (2014) Editing and investigating genomes with TALE and CRISPR/Cas systems: applications of artificial TALE and CRISPR-Cas systems. Methods. 69,2: 119-20.
  • Ghezraoui, H., Piganeau, M., Renouf, B., Renaud, J-B., Sallmyr, A., Ruis, B., Oh, S., Tomkinson, A-E., Hendrickson, E-A., Giovannangeli, C., Jasin, M. & Brunet, E. (2014). Chromosomal translocations in human cells are generated by canonical nonhomologous end-joining. Mol Cell. 55, 6: 829-42.
  • Rémy, S., Tesson, L., Ménoret, S., Usal, C., De Cian, A., Thepenier, V., Thinard, R., Baron, D., Charpentier, M., Renaud, J-B., Buelow, R., Cost, G-J., Giovannangeli, C., Fraichard, A., Concordet, J-P. & Anegon, I. Efficient gene targeting by homology-directed repair in rat zygotes using TALE nucleases. (2014) Genome Res. 24,8: 1371-83.
  • Ménoret, S., Tesson, L., Rémy, S., Usal, C., Thépenier, V., Thinard, R., Ouisse, L-H., De Cian, A., Giovannangeli, C., Concordet, J-P. & Anegon, I. (2014). Gene targeting in rats using transcription activator-like effector nucleases. Methods. 69,1: 102-7.
  • Auer, T-O., Duroure, K., De Cian, A., Concordet, J-P. & Del Bene, F. (2014). Highly efficient CRISPR/Cas9-mediated knock-in in zebrafish by homology-independent DNA repair. Genome Res, 24, 1:142-53.
  • Piganeau, M., Ghezraoui, H., De Cian, A., Guittat, L., Tomishima, M., Perrouault, L., René, O., Katibah, G-E., Zhang, L., Holmes, M-C., Doyon, Y., Concordet, J-P., Giovannangeli, C., Jasin, M. & Brunet, E.. (2013). Cancer translocations in human cells induced by zinc finger and TALE nucleases. Genome Res, 23,7 :1182-93.

Principales Collaborations

  • Erika Brunet, MNHN, Paris (Translocations Chromosomiques)
  • Ignacio Anegon,TRIP - UMR1064, Nantes (Transgenèse Rat)
  • Filippo Del Bene, Institut Curie, Paris (Ciblage génomique Zebrafish)
  • Frédéric Sohm, Amagen, Gif-sur-Yvette (Transgenèse Zebrafish)
  • Kristof Jagla,Fly-facility, Clermont-Ferrand (Transgenèse Drosophile)
  • Geneviève Tavernier, Anexplo, Toulouse (Transgenèse Souris)
  • Christophe Heligon, CRB Xénope, Rennes (Transgenèse Xénope)
  • Laure Bonnaud-Ponticelli, Guillaume Rivoire, UMR BOREA, MNHN
  • Hervé Tostivint, Barbara Demeinex, UMR 7221, MNHN (ciblage génomique poisson-zèbre et xénope)
  • Emmanuelle Jacquin-Joly, UMR 1272, INRA Versailles (Ciblage génomique dans Lepidoptera)
  • Tsuyoshi Momose, UMR7009, Villefranche s/ Mer (Ciblage génomique dans Clytia)
  • Rafael Dariolli, INCOR, Université Sao Paolo (Brésil)
  • Cesare Galli, Fondazione Avantea, Cremona (Italie)
  • Jochen Wittbrodt, Centre for Organismal studies, Heidelberg (Allemagne)

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