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Futur external seminars

 

séminaire externe 31 mai 2024
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Past external seminars

 

Friday 26th of April at 3pm in Bibliothèque de Biophysique.

Dr. Thierry Tran

Le rôle clé des interactions microbiennes dans la production de kombucha
UMR Procédés Alimentaires et Microbiologie (Université de Bourgogne, L’Institut Agro, INRAE) / SAS Biomère / EI Transverse Consulting


Tout comme le kéfir, la boisson kombucha autrefois fermentée sur des tables de cuisine, émerge depuis quelques dizaines d’années en tant qu’aliment étiqueté « santé ». Cette boisson acidulée, pétillante et souvent aromatisée est de nos jours vendue prête à boire et produite de manière industrielle au moyen de procédés non-standardisés. Cela a pour conséquence une diversité importante de profils sensoriels, également due à un manque de maîtrise du procédé fermentaire dont la répétabilité varie dans le temps. La nature complexe et évolutive des communautés microbiennes responsables de la fermentation est soupçonnée d’être à l’origine de cette instabilité.
C’est avec la volonté de poser des bases scientifiques de la production de kombucha que nous nous sommes concentrés sur l’investigation des interactions microbiennes, soupçonnées de jouer un rôle clé dans transformations biochimiques et donc sur les caractéristiques sensorielles du produit. Les outils analytiques incluent principalement des analyses microbiologiques culture-dépendantes et de biologie moléculaire mises en relation avec un éventail de techniques de chimie analytique ainsi que de l’analyse sensorielle descriptive. Nous verrons ainsi comment cette recherche en sciences des aliments s’est peu à peu teintée d’écologie microbienne, en mettant en évidence le lien entre la fonctionnalité technologique des levures et bactéries et leur rôle écologique au sein de leur communauté.
Ces travaux proposent ainsi d’aborder la production des aliments fermentés traditionnels non plus comme des systèmes, mais bien des écosystèmes façonnant de par les contraintes exercées, les interactions entre micro-organismes.

 

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Friday 1st of March at 3pm in Bibliothèque de Biophysique.
 

Leo Zeitler

 
Leo is currently a post-doc at Institut Pasteur. His seminar will present both his career and research work, in the aim of giving insights to young researchers. The talk will be divided into three parts as follows:
 
 
1. Leo's doctorate research : Computational and Mathematical Modelling of DNA Repair in Budding Yeast
 
Protein-DNA molecular interactions regulate cell behavior in its environment, vital for genome integrity. DNA repair dysfunction is linked to serious diseases. Despite intensive studies, in vivo DNA repair orchestration at the genome scale is poorly understood. Our computational tools use high-throughput sequencing for locus-specific DNA repair kinetics post-UV irradiation. Our minimal model interprets sparse NGS data, revealing continuous repair dynamics over time. Unlike averaging signals, we consider them as stochastic DNA-protein interactions in independent cells, analyzing repair in the context of nuclear processes. To bridge temporal dynamics and population-scale behavior, we developed two approaches—average "mean-field" and cell-specific stochastic methods. These models, based on general DNA-protein interactions, offer insights into gene-specific repair kinetics and damage recognition mechanisms along coding regions, applicable to various nuclear processes.
 
 
2. Career transition, postdoc, challenges
 
3. Current research at Institut Pasteur
 
In mammals, the uterus undergoes cyclic changes, during which the uterine cell wall and mucosa (endometrium) is built up and---if no fertilization occurs---is broken down. A few species, such as humans and closely related apes, shed the uterine lining if no fertilised egg cell is embedded, which is known as menstruation. Evolutionary studies revealed that whilst most mammals do not shed the endometrium, menstruation as a phenotype developed recently and independently in at least four lineages. Despite the clear evidence of an evolutionary advantage, there is still no consensus for what makes menstruation beneficial for those species. Understanding the reason behind endometrial shedding is of paramount importance to better understand gynaecological disorders and to focus treatment development. In this project, we apply comparative functional genomics to endometrial single-nucleus sequencing data for gene expression (snRNA-seq) and regulation (snATAC-seq) of menstruating and non-menstruating species to identify key differences that give rise to menstruation. The data reveals that the global transcriptome of menstruating species substantially changes between different points during the uterine cycle.

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Vendredi 26 janvier prochain, à 11heures, en Bibliothèque de Biophysique, nous aurons le plaisir d'accueillir,

Vanessa RIBES

(DR2 INSERM - Institut Jacques Monod/CNRS & University Paris Diderot -Ribes Lab VF - Institut Jacques Monod (ijm.fr) ).

Les  projets de recherche développés par Vanessa et son équipe "Facteurs de transcription et destin cellulaire" visent à mieux comprendre la plasticité et la stabilité des phénotypes cellulaires en analysant la génération de la diversité neuronale au sein de la moelle épinière embryonnaire et la transformation qui mène aux rhabdomyosarcomes, des cancers pédiatriques. Elles se concentrent tout particulièrement sur les facteurs de transcription PAX dont l’activité modulaire est capable de générer une incroyable diversité des états cellulaires.

 

Vendredi elle nous parlera de 

Titre: A BMP mediated switch in PAX3/7 transcriptional activity to pattern the sensory spinal cord

Résumé:

The emergence of cellular diversity in the developing central nervous system is controlled by the combined activity of secreted signals and transcription factors. The mechanisms by which neural progenitors integrate these two signals have yet to be deciphered. To this end, we are studying the interaction between bone morphogenetic proteins (BMPs) and the transcription factors PAX3 and PAX7 during the specification of relay (RIn) and associating (AIn) interneurons present in the dorsal embryonic spinal cord. Using mouse embryos and pluripotent stem cell-derived spinal organoids, we show that PAX proteins regulate the generation of IR and IA differently. For (AIn), PAXs bind to cis-regulatory genomic regions near key ventral specifiers where they participate in the deposition of the repressive histone mark H3K27me3, preventing progenitors from acquiring a ventral identity. This repressive activity is also present in IR progenitors. However, in these progenitors, PAX can also act as transcriptional activators, opening and activating enhancers, nearby genes essential to IR differentiation. Finally, we have demonstrated that BMP signaling in IR progenitors modulates the transcriptional potential of PAX, switching them into activators and increasing their specification potential tenfold.

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Vendredi 24 novembre à 11 heures, en Bibliothèque de Biophysique, nous aurons le plaisir d'accueillir,

Paikan Marcaggi 

Paikan est un spécialiste de la physiologie des neurones et a une grande expérience dans le patch clamp et la micromanipulation, plus récemment des approches d'optogénétiques.

L'abstract de son séminaire:

Perfectionnement de la communication cellulaire – le modèle d’une synapse du cervelet

Païkan Marcaggi, UNIS - UMR1072 INSERM AMU, Marseille

Dans ce séminaire, je présenterai la ligne directrice de mon approche en physiologie jusqu’à aujourd’hui : l’étude quantitative des communications entre cellules nerveuses par des approches en temps réel. Je me suis notamment penché sur les interactions métaboliques neurone-glie, le rôle des transporteurs membranaires et les signalisations synaptiques glutaminergiques et cannabinoïdes. Mon modèle d’étude privilégié a été une synapse excitatrice centrale, la synapse entre la cellule en grain et la cellule de Purkinje du cervelet. Cette synapse est apparue avec les vertébrés. En terme d’évolution, il s’agit peut-être du site de communication le plus perfectionné du monde vivant. Le cervelet est en effet une structure cérébrale dont le volume s’est accentué avec le développement du cerveau chez les mammifères. Chez l’homme, plus de la moitié des neurones s’y trouvent. La synapse grain-Purkinje y est prépondérante. Elle est considérée comme le siège d’une plasticité dont de nombreux mécanismes ont été décrits. Pourtant, à ce jour, ceux qui sous-tendent l’apprentissage cérébelleux ne peuvent être considérés comme établis. Un fait l’illustre : il semble qu’une large majorité de ces synapses, bien qu’en apparence normales structurellement, ne transmettent pas de dépolarisation postsynaptique : elles sont dites silencieuses. Or le rôle de ces synapses silencieuses reste à déterminer. Leur nombre varie-t-il avec l’apprentissage cérébelleux ? Ou sont-elles une constante homéostatique du réseau ? Dans quelles conditions peuvent-elles être rendues fonctionnelles ? Mes travaux récents ont abordé ces questions. Plus généralement ils s’inscrivent dans une perspective visant à une compréhension du fonctionnement synaptique qui nécessite de distinguer les mécanismes les plus fondamentaux de ceux les plus raffinés.

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Vendredi 24 juin à 11h

Marie-Noëlle Prioleau

(Institut J. Monod) sur G4 et origines de réplication,

Bibliothèque de biophysique.

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Vendredi 20 mai à 11h

Marina Katava 

Marina Katava est une physicienne de formation qui  pourrait candidater au CNRS au labo l'année prochaine.

Biological memory: from epigenetics to polymer formation

Complex systems can be successfully modeled in computer simulations. Due to the high computational cost of the numerical algorithms, different techniques are adapted to suit particular time- and length scales. Consequently, molecular reactions and conformational dynamics of molecules are most often not represented simultaneously, which is in contrast with complex molecular systems, where the motion and chemical reactivity of molecules are coupled. Here I present a technique that is a hybrid between stochastic dynamics and kinetics and that can represent both the spatio-temporal evolution and chemical reactivity in biological and chemical systems. Modeling of two classes of systems will be presented; (I) the spreading of epigenetic modifications on chromatin so as to model the establishment of gene expression patterns that account for phenotypic diversity of multicellular organisms, (II) the formation of informational sequences such as the DNA.

https://www.marinakatava.com/

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Vendredi 13 mai à 11h

Robert Fuchs

Titre : "Accidents de réparation à l’origine de cassures double brins et cytotoxicité du témozolomide".

Grand spécialiste de la réparation et réplication de l'ADN.

ATTENTION: Son séminaire aura lieu dans l'Amphithéâtre de Paléontologie. 

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Vendredi 18 mars à 11h

Olivier Albagli

Titre  : Cell cycle and functional maturation in a model of human beta pancreatic cells, the EndoCbetaH2 cell line

 

Abstract :

In humans and rodents, pancreatic beta cells, which produce Insulin, undergo a post-natal maturation characterized by cessation of proliferation, senescence and essential functional changes. The recently described human beta cell line, termed EndoCbetaH2, was generated through lentivirus-mediated transfer of two oncogenes, hTERT and SV40LT, in fetal pancreatic cells (1). EndoCbetaH2 cells display reversible immortalization : upon removal, or silencing, of hTERT and SV40LT, EndoCbetaH2 cells exit from cell cycle, deepen their beta cell traits and show functional changes, in a process akin to post natal maturation of « true » pancreatic beta cells (1-4). To study and monitor both cell cycle and terminal maturation of pancreatic beta cells, we first generated and characterized a Fucci (Fluorescent Ubiquitination-based Cell Cycle Indicator) derivative of EndoCbetaH2 cells (2). Using this tool, we next reported the role of the RB tumor suppressor family, mostly of RB itself, in the « identity » of human pancreatic beta cells, and in their terminal maturation (3).   

Chez les rongeurs et chez l’Homme, les cellules beta du pancréas, qui produisent l’insuline, subissent une maturation fonctionnelle post-natale associée à un arrêt de la prolifération et la sénescence. Récemment, une lignée de cellules pancréatiques beta humaines, la lignée EndocBetaH2, a été obtenue grâce au transfert de deux oncogènes, hTERT et SV40LT, dans des cellules de pancréas foetaux (1). Cette lignée présente une immortalisation réversible :  l’excision ou l’extinction des deux transgènes immortalisants y provoque la sortie du cycle cellulaire,  l’exacerbation de nombreux traits caractéristiques des cellules beta et des changements fonctionnels (1-3). Ce processus ressemble d’assez près à la maturation des « vraies » cellules beta après la naissance (4). Afin de mieux comprendre et d’étudier le cycle cellulaire et la maturation des cellules pancréatiques beta humaines, nous avons tout d’abord généré et validé une lignée dérivée portant les deux indicateurs Fucci (Fluorescent Ubiquitination-based Cell Cycle Indicator) du cycle cellulaire à partir des cellules EndoCbetaH2 (2). Avec cet outil, nous avons ensuite montré le rôle essentiel des protéines de la famille RB, P130 (RBL2) et surtout RB lui-même, dans le maintien de « l’identité » des cellules beta humaines et dans leur maturation fonctionnelle (3). 

 

1. Raphaël Scharfmann, Séverine Pechberty, Yasmine Hazhouz, Manon von Bülow, Emilie Bricout-Neuveu, Maud Grenier-Godard, Matthias Lohmann, Paul Czernichow and Philippe Ravassard. Development of a conditionally immortalized human pancreatic β cell line. J. Clin. Invest. 124, 2087–2098 

2. Carlier G, Maugein A, Cordier C, Pechberty S, Garfa-Traoré M, Martin P, Scharfmann R, Albagli O. Human fucci pancreatic Beta cell lines: new tools to study Beta cell cycle and terminal differentiation. PLoS One. 2014. 9 : e108202

3. Alicia Maugein, Marc Diedisheim , Karine Bailly, Raphaël Scharfmann, Olivier Albagli . The RB gene family controls the maturation state of the EndoC-βH2 human pancreatic β-cells. Differentiation. May-Jun 2020;113:1-9.

4. Scharfmann R, Staels W Albagli O The supply chain of human pancreatic β cell lines J Clin Invest. 2019;129(9):3511-3520

Published on: 23/06/2021 21:09 - Updated on: 27/05/2024 14:22

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