Pôle imagerie

Responsable scientifique : Christophe Escudé

Responsable technique : Judith Lopes (judith.lopes[at]mnhn.fr / 01 40 79 56 16)

                                         Xavier Marques (xavier.marques[at]mnhn.fr / 01 40 79 36 89)

Leica DMIRE2

Filtres à disposition :  DAPI ("A4"), GFP ("L5"), XF204 ("546"), Cy3 ("Y3"), QD605, Cy5 ("Y5")

Objectifs : x10, x20, x40, x40 huile, x63 huile, x100 huile

Accessoires : lampe HXP120, platine motorisée, piezo sur l'objectif x100

Applications : 2D, 3D "légère", cellules fixées ou vivantes

Logiciels : Metamorph, Micromanager

Guide utilisateur disponible en version papier dans la salle d'imagerie (classeur Leica)

Zeiss Axio observer Z1

Filtres à disposition :  DAPI ("49 shift free"), eGFP ("38 HE shift free"), Cy3 ("43 HE shift free"), Cy5 ("50 shift free")

Objectifs : x10, x20, x63 huile

Accessoires : lampe HXP120, Colibri2 (LEDs), ApoTome2, platine motorisée, table anti-vibration, enceinte thermostatée, contrôleur de CO₂

Applications : 2D, 3D haute résolution, cellules fixées ou vivantes, multi-positions, mosaïques, vidéomicroscopie

Logiciel : ZEN 2012 64 bits

Guide de l'utilisateur : A télécharger 

Disponible aussi en version papier dans la salle d'imagerie (classeur Zeiss)

Planning de réservation

A faire obligatoirement sur le GRR (cliquez ici)

Vous devez disposer d'un compte pour pouvoir effectuer une réservation. Faites votre demande auprès de notre responsable informatique. (Régis-Gildas Yimbou)

Formations

Avant toute première utilisation, une formation d'une heure environ est dispensée pour devenir un minimum autonome sur le microscope.

Analyses

Les logiciels suivants sont recommandés pour traiter vos images :

- TANGO : spécifique au traitement 3D des noyaux et structures associées (attention à bien avoir installé Java auparavant)

- Fiji : la base pour traiter vos images simplement et moins simplement grâce aux nombreux plugins disponibles. A noter qu'il est possible de passer par Fiji pour installer TANGO puis rtango

- Icy : une excellente alternative à Fiji qui permet de nombreuses analyses (colocalisation, tracking , ...)

Pour l'analyse statistique, je vous conseille l'utilisation de R et de l'interface R Studio pour le côté convivial. Attention à procéder à l'installation dans cet ordre.

Testé sur PC, Mac et Linux (actuellement Windows 7 64 bits avec Java 8.0_66, Fiji/ImageJ v1.51s, TANGO v 0.97 (+MCIB v3.91), R 3.4.0 (pour la console), RStudio 1.0.44 (pour l'éditeur), rtango 1.3).

Une salle dédiée aux analyses au sous-sol vous permet d'utiliser ces logiciels librement (sur PC). Demandez au responsable technique pour la première utilisation. N'oubliez pas de réserver un créneau sur le GRR.

Traitement des images

- Ajout d'une barre d'échelle par ImageJ :